Hola Anstor y bienvenido al foro!
Algo que tienes que tener en cuenta y que muchas veces no lo explican en los libros, es que el TRÁFICO DE CONTROL (de la mayoría de los protocolos) siempre viaja por la VLAN 1, NO POR LA VLAN NATIVA, no te confundas, son 2 cosas diferentes. Si tú cambias la VLAN nativa a cualquier otro valor, no interesa, el tráfico de control de CDP, VTP, STP, PAgP, etc… SIEMPRE viaja por la VLAN 1 aunque tú elimines la VLAN 1 como VLAN permitida en una troncal, existe una excepción a esta regla, el tráfico de control del protocolo DTP si viaja por la VLAN nativa cuando utilizas la encapsulación 802.1Q, sin embargo cuando utilizas ISL, el tráfico de DTP sigue viajando por la VLAN 1.
Espero que con esto quede más claro! =)