Hola Jose!
En la explicación se indica que el MSS está conformado por los DATOS DE APLICACIÓN. El MSS se obtiene restando el tamaño del header TCP y el tamaño del header IP al MTU de la trama. Si la trama está viajando por un enlace Ethernet, esto significa que el MTU tiene un tamaño de 1500 bytes, a esos 1500 bytes le restamos el tamaño del header TCP (20 bytes), le restamos el tamaño del header IP (20 bytes) y obtenemos el MSS que sería equivalente a 1460 Bytes, estos bytes representan solamente a los datos de APLICACIÓN.
Acá tenemos una entrada del blog donde hablamos a más detalle de estos datos:
NO es necesario que estudies lo que se menciona en esa entrada de blog, va más alla del nivel de CCNA pero puede servirte para aclarar conceptos.
Atento a tus comentarios! =D