Buenos días Jesus.
El ejecutar el comando «switchport trunk native vlan» no tiene ningún efecto sobre la VLAN 1, esa VLAN sigue existiendo por defecto y es permitida por la troncal. En el ejercicio al cambiar de vlan nativa, de todas formas la VLAN 1 sigue permitida como lo puedes ver en el minuto 4:58; ahí puedes evidenciar que las vlans permitidas en la troncal van desde la 1 hasta la 1005.
¿Tal vez algo que se dice en el video te genera confusión?… si podrías apuntarme al minuto del video te lo agradecería.
Atento a tus comentarios!
Saludos! =)