Hola Victor!
Es correcto, cuando tu ejecutas «switchport port-security», automáticamente ya se habilita el modo «shutdown», es decir que se deshabilita la interface cada vez que se viola la seguridad configurada; si a tu configuración anterior le añades «switchport port-security mode shutdown» no estas cambiando nada. No existe un motivo en particular por el cual se tenga esa opción, simplemente es una forma de cambiar entre diferentes modos de violación sin tener que ejecutar «no switchport port-security violation restrict» o «no switchport port-security violation protect» para pasar al modo shutdown, que como puedes ver un tanto más complicado trabajar de esa manera. Solo se trata de consistencia en los comandos.
Saludos! =)