Hola Gianfranco y nuevamente gracias por tus comentarios.
Respecto a tu consulta, el cambiar de números de puertos incrementa la seguridad (de manera mínima), pero solo contra atacantes no experimentados, o contra ciertos scripts que atacan a los puertos por defecto; dicho esto, cualquier atacante experimentado/serio escaneara tus puertos y encontrara los abiertos de todas formas, así que solo retrasas el ataque, no lo detienes.
Respecto a qué número de puerto utilizar, simplemente evita utilizar los puertos bien conocidos ya que podrías causar problemas con otros servicios que tengas implementados, después podrías utilizar cualquier puerto que desees, no hay una regla en particular; sin embargo, si hablamos de OTORGAR servicios bien conocidos a clientes ajenos a tu empresa, ahí no deberías cambiar tus números de puertos, por qué?…porque los clientes utilizaran los puertos por defecto; asumamos que estas ofreciendo servicios web, por lo tanto los navegadores web de tus clientes utilizarían puertos por defecto para comunicarse con tu servidor, si cambias los números de puertos a otros que no son los por defecto, entonces los navegadores web no sabrán a qué puerto comunicarse y la comunicación lógicamente fallará, esto exceptuando a que tu otorgues el número de puerto en la URL. El cambio de puertos solamente será apropiado cuando tus clientes sepan el número de puerto al cual comunicarse, lo cual sería problemático si otorgas servicios bien conocidos como WEB, DNS, CORREO, etc.
Atento a tus comentarios.
Saludos! =)