Hola Gianfranco.
Lo diferente está en el medio de transmisión, ahí ingresan todos los beneficios que obtendrías con fibra respecto al cobre; ya es tu elección cual utilizar, obviamente también está el tema del costo, los transceivers de fibra son más costosos.
Respecto a utilizar una interface «normal» de cobre, y utilizar un puerto con transceiver de cobre, la diferencia está en el ancho de banda que te proporciona, los puertos con transceivers son «uplinks», esto significa que están diseñados para que los conectes a dispositivos intermedios transportando el tráfico de los otros puertos «normales» de cobre que son de menor capacidad… si por ejemplo tienes 48 puertos de cobre «normales» de 1 Gbps… el puerto «uplink» con transceiver de cobre te permitirá tener por ejemplo 10 Gbps para transportar el tráfico generado por los 48 puertos.
Atento a cualquier otra consulta.
Saludos! =)