Hola Hugo!
Si bien en la capa de Distribución y Núcleo ya no utilizamos enlaces de Capa 2 y evitamos el uso de este protocolo, en la capa de Acceso (hacia los usuarios) todavía se sigue utilizando al protocolo Spanning-tree para evitar loops de capa 2. ¿Qué pasaría si alguien introduce un switch en la capa de acceso?, podría ocasionar un loop si no se toman las medidas de protección necesarias con este protocolo. Es por ello que NO se elimina completamente el uso de STP en este criterio de diseño.
Espero que ahora quede claro.
Saludos! =)