Hola Rafael!
El algoritmo que se utiliza para controlar el enlace que emplea un dispositivo de red en un etherchannel es propietario de Cisco, y lastimosamente no puedes controlar qué equipo utiliza qué enlace, lo único que puedes controlar es el tipo de balanceo de carga de acuerdo a las diferentes opciones que te permita configurar tu dispositivo; de todas formas si tienes 2 enlaces y tu balanceo de carga es src-mac, se trata de equilibrar la asignación de las direcciones MAC de manera equitativa en los enlaces.
Para lograr lo que mencionas y elegir qué dispositivos utilizan los enlaces individuales, tendrías una opción de implementar distintos enlaces de capa 3 y controlar a través de enrutamiento qué dispositivos utilizaran cierto enlace, esto lo podemos lograr con PBR (lo analizamos en el curso ENCOR y ENARSI); o en su defecto utilizar diferentes VLANs en diferentes enlaces.
Respecto a tu segunda pregunta, sí, el tráfico se va por el enlace que queda activo.
Finalmente, respecto a tu última pregunta, la buena práctica dice que apagues las interfaces donde tendrás que configurar los etherchannels, configura todo lo que tengas que configurar, y recién activa las interfaces. Recuerda verificar que los modos de Etherchannel sean compatibles, o podrás crear loops en tu infraestructura.
Saludos!